十月，黔南矩州蛮叛。都督王建以土司兵为前锋，诱敌出峒，火攻破之。斩首万余，收降四万编为屯兵。
十二月，新罗使金裕弘请助战。帝拒，赐锦缎百匹。
洪武七年三月，耿明率水陆大军五万渡海攻辽东，李居正退守辽东城，耿明以张延暉、马殷、王重荣分兵多路，进取辽南诸城与平壤。
四月，耿明率军兵围辽东城，以火枪兵猛攻，骑兵横击，斩首渤海劲卒万余。
五月，渤海王大玄锡闻战败惊惧，遣裴頲入朝谈和，徙辽东之民北上渤海。耿明遂出兵收復辽东。
六月，帝置三司於辽东，曰：辽东广袤，朝廷秩序將玄菟、辽东城、平壤等处滩涂围堰填土，便可得耕田千万。以朝廷之力，想要牢牢占据辽东，非百万人而不可。眼下辽西填土造路，非十余年功不可成，迁徙百姓唯走海路。
己巳，帝传旨南衙，以河北、河南两道百姓为主，凡迁辽东之民，免田税三年，每口发田二十亩，每户发耕牛一头。
洪武八年二月，帝諭海军都督耿明曰：朕嗣位八载，日本未尝遣使。海宇茫茫，岂无化外之邦？卿当率舟师东巡，询其不贡之由，且探东海诸夷。
四月，耿明率舟师二万八千、海船二百八十艘，自明州出洋。旌旗蔽日，帆檣如林，浙东百姓聚海岸观之，嘆为“龙驤渡海”。
五月，舰队抵日本博多湾。日主国王年幼，其关白宰相藤原基经摄政。见汉舰巍若山岳，火器森列，急遣使奉国书、献珊瑚明珠，请以佐渡岛为汉军泊港。耿明宣敕曰：“尔国久闕朝贡，本当问罪。念汝恭顺，许开互市。”
六月，耿明令於佐渡筑官港、修船坞、设烽堠，留兵三千镇守。另遣兵二千探险船队东进。
七月，湘西峒蛮復叛，掠朗、澧二州。帝敕淮南等三道合兵进剿，破寨八十二，俘六万余。悉迁山南东道，授田器、稻种，敕曰：三年不征，使习耕读。
十月，发火药三百万斤、帑钱二百万贯，修黔中官道。凿山架桥，自辰州至播州，开闢西南坦途。
十二月，户部奏天下户籍：户八百六十二万四千五十三，口四千二百五十七万二千六十五；田二百八十七万八千八百七十二顷，岁入粮三千七百四十七万六千五百石。另列布帛、金银、盐铁、军马之数，帝硃批曰：“仓廩虽实，犹须节俭。”
洪武九年二月，帝以河北辽东、河东三道十五万兵征契丹与奚。
三月，安南长山蛮作乱，兵马使葛从周