七十三县受灾。帝发內帑七十万贯，遣工部尚书耿明治水。是月，宰相刘瞻致仕，赐宅邸、钱帛，命北军护归乡里。擢河东布政使崔恕为相，王平仲代其职。
八月，国师悟真奏：吐蕃王没卢丹增受册封，建寺五十六座。帝命陇右、剑南扩修驛道通吐蕃，敕没卢丹增发民夫十万助工，日给粮三升。
九月，革僧道度牒旧制，定佛诞、玄元二节科考。收天下寺观田六百万亩，限三年无牒者还俗。僧道怨嗟而不敢逆，多奔吐蕃。
十月，户部奏：天下仓廩积粮二千二百万石，钱四百万贯。
十一月，军器监献火绳枪。帝召宰相曰：渤海据辽东故地，轻慢天朝。昔卫满窃朝鲜，武帝犹发兵灭之。遂调粮五十万石往登莱，集诸道兵於青州操练，造舰二百艘，欲跨海东征。
五年二月，帝詔青州聚兵三万，都督耿明率海军二万北上。於登莱、辽南诸岛修仓储十二座，筑石堡五处，烽堠相望。工部奏：“跨海运粮，须造二千料海鶻船百艘。”帝允之，令户部拨钱八十万贯。
四月，会川大雪山蛮叛，断西南驛道。巴川郡王张武率兵万人，攀冰崖、焚藤桥，搜剿百余洞。斩首三万，俘五万悉编屯田。帝敕：雪山险远，当置戍堡，永绝后患。
八月，以江南水患未根治，发户部帑钱五十万贯，浚吴淞江百里，拓黄浦江口，固浙江海塘。
十月，賑杭州饥民三万三千七百八十余口，给米十六万石。
洪武六年正月，镇州旧牙兵王奎纠亡命三千，诈称“天补平均大將军”，掠赵州。河北都督斛斯光发轻骑五千，夜袭其营。奎据滹沱河顽抗，光令士卒负草填堑，火枪齐发。斩奎於乱军，传首河北诸州县。帝敕曰：牙兵遗毒，务鬚根除。自今获叛卒，首恶凌迟，从者皆戍安南。
三月，京畿春旱，麦苗枯槁。帝命京畿道发常平仓粟百万石，分设粥棚三百处。另遣工部督民浚井万眼，赐《救荒本草》於诸县，减膳祈之。
七月，渤海使裴頲至洛阳，詰问海上筑堡事。帝曰：辽东本属汉人，昔唐室衰微暂弃之。今朕承天命，当復汉家旧疆。尔王可迁民北徙，免遭兵燹。
頲曰：唐太宗曾困於安市城。帝曰：卿不见野狼川黠戛斯之歿乎？頲汗流浹背而退。
八月，青州军尽换火绳枪，造弹药百万斤。征民夫二十万运粮，沿海设水驛三十处。
九月，渤海大將李居正陈兵三万於辽东。筑冰城、布铁蒺藜。耿明遣快船扰其粮道，焚其舟师百余。