乃至带来某种历史宿命论的悲观气息？
这是值得作者与读者共同深思的问题。”
燕京大学教授董学文在《燕京大学学报（哲学社会科学版）》发表长文：《历史景观中的价值迷雾——析<大明王朝1566>的叙事伦理与潜在虚无主义倾向》
董学文的批评更为尖锐，直指其价值观与历史观：
“《大明王朝1566》在摆脱简单二元对立、挖掘人性复杂方面确有贡献。
然而，其叙事伦理呈现出的某种‘价值悬置’或‘过度中立’倾向，却可能导致危险的认知误区。
作者以近乎自然主义的笔法，描绘了一幅全员困境、无人解脱的灰色历史图景。
无论是试图改革的清流，还是贪墨固化的严党，乃至最高统治者嘉靖，所有人都被描绘为历史棋局中身不由己的棋子，在体制的泥沼中无力挣脱。
海瑞的正面抗争被凸显其偏执与孤独，嘉靖的权谋被赋予某种‘智慧’的光环，而对严嵩等人，则过多强调其‘不得已’与‘苦衷’。
这种对历史人物‘理解之同情’若不加辨析地过度延伸，便模糊了是非善恶的基本界限，消解了历史进步应有的价值评判。
特别是小说中通过嘉靖之口阐述的‘长江黄河论’，将清流与贪官等量齐观，视为帝王治理术中可供驱使的、无分清浊的‘工具’，这固然深刻揭示了某种权力逻辑的冰冷实质，但叙事者对此缺乏足够鲜明的批判性距离，容易使读者产生‘一切不过是权力游戏，并无本质区别’的认知，潜藏着历史虚无主义和价值相对主义的风险。
文学需要复杂性，但不能以复杂性之名，消解了正义、勇气、廉洁等永恒价值在历史中的光辉与意义。
在呈现‘一切皆合理’的历史逻辑时，不应忘记‘并非一切皆合情、皆合乎人类进步之公理’。这是历史题材创作需要警惕的深渊。”
中山大学教授李在明在《花城》评论版撰文：《一部文学杰作的传播困境：论<大明王朝1566>的文本封闭性》
李在明的评论则从文学传播与接受的角度提出批评：
“从纯文学的角度看，《大明王朝1566》无疑是一部厚重之作。
但其在艺术探索上取得的成就，某种程度上是以抬高了大众的阅读门槛、牺牲了部分可读性为代价的。
小说开篇节奏缓慢，信息密度极大，大量明代特定的官制、典章、政治术语构成理