不阿背后，是与整个官僚系统乃至时代氛围的深刻悲剧性冲突。
嘉靖皇帝更非简单的‘昏君’标签所能概括，他是一个将帝王心术运用到极致、在权力巅峰品尝绝对孤独的顶级政治家，同时也是一个沉迷方术、寻求精神逃避的虚无主义者。
甚至严嵩、吕芳、杨金水等所谓‘反面’或‘灰色’人物，作者也并未进行简单的道德审判，而是深入其具体的政治处境、利益考量与人性弱点，揭示出制度与情境如何塑造并扭曲个体。
这种‘去道德化’的叙事立场，并非价值虚无，而是将伦理探究推向更深处——它追问在特定的历史结构中，个人的生存困境、选择之艰难以及行动的可能与局限。
这标志着我们的文学在理解‘人’的复杂性上，迈出了关键一步。
司齐用他的笔告诉我们：伟大的文学，不在于给出简单的道德答案，而在于呈现深刻的道德困境。”
然而，盛赞之外，尖锐甚至严厉的批评接踵而至，形成了鲜明的对立格局。
中国社会科学院文学研究所研究员钱中文在《人民文学》评论版发文：《历史关怀与现实缺席——评<大明王朝1566>的“人民性”疑问》
钱中文的批评立足于传统的社会主义现实主义理论框架，质疑其时代关联性：
“不可否认，《大明王朝1566》在历史考据、叙事技巧和人物深度上达到了很高水准。
但我们必须追问：在二十世纪九十年代的今天，在改革开放深入推进、社会经历深刻转型的时代背景下，这样一部将全部精力用于描绘四百年前封建王朝最高层政治斗争的作品，其现实的关怀在哪里？
与广大人民群众的生活与情感联系在哪里？
小说将镜头完全对准紫禁城与官场，对当时广大农民、手工业者在沉重赋税与政策变动下的真实生存状态，仅有侧面、模糊的呈现。
‘改稻为桑’关乎民生疾苦，但叙述焦点始终是官场的博弈，而非桑农的悲欢。
这使人不得不质疑，这部精心构筑的‘庙堂史诗’，是否在某种程度上陷入了对权力游戏本身的美学沉迷，而远离了历史唯物主义强调的、推动历史的根本性人民力量？
司齐展示了高超的‘术’，但文学的‘道’，是否更应包含对历史中沉默的大多数的深切体察与代言？
当文学过度聚焦于权谋与心术的精妙刻画时，是否会不自觉地削弱了对不合理的制度本身的批判力度，