十一月，駢復阳苴咩城废墟。帝詔设云南道，治所昆州，置三司。发剑南粮二百万石，迁工匠三万往云南。敕曰：滇民疲敝，免赋三年。军士屯田者，给牛种农器。
洪武十三年十二月，晋昌郡王高进达、太原郡王王式同日薨。帝闻讯罢朝三日，素服御贞观殿，泣谓群臣：“进达从朕於陇，扫吐蕃、平河朔、定中原，今日殂落，如折股肱。”
壬寅，帝追封高进达为肃王，諡文正；追封王式为並王，諡文成。命有司以亲王礼治丧，敕工部造螭首碑，帝亲撰神道碑文。
以高进达陪葬帝陵西闕，赐东园秘器、黄肠题凑。发羽林军三千送葬，旌幡蔽日，自罗隱至帝陵百里縞素。
高进达子高述袭晋昌郡王，降等世袭；王式子王涉袭太原郡王。帝召二子諭曰：“尔等当守谦抑，毋坠门风。”
洪武十二年正月甲辰，东洋舰队率舟师返安南。献红薯、土豆、玉米、橡胶、番茄、南瓜等物三十余种。帝令刊《农政新书》，留岭南试种。舰队归者皆授田赏爵。
五月，云南都督高駢奏：滇南瘴癘，戍兵病歿者十之三四。请征黔中、岭南蛮兵五万，以其耐湿热。帝从之。
八月，太子烈奏京察结果：查勛臣李阳春等十八家隱田五万七千六百顷，赃物折九百二十万贯。有刺史私改鱼鳞册，县令纵奴夺民田。帝黯然曰：朕平天下易，治人心难。遂詔太子总领二十道京察。
十月，户部奏天下户籍：户九百二十万五千六十七，口四千六百四十二万七百五十九；垦田三百一十二万五千四百一十顷，岁入粮四千二百六十一万二千六百九十二石。帝硃批：虽增田亩而实征反减，盖因勛贵隱漏。著太子彻查，毋纵毋枉。
洪武十三年正月辛亥，帝大祀天地於南郊。服袞冕，执镇圭，奏《云门》之舞。燔柴告天曰：“臣继隆谨以玉帛牺齐，粢盛庶品，明荐於皇皇帝天、皇皇后土。伏惟苍昊佑我烝民，五穀丰登，边陲寧謐。”
三月，岭南布政使赵朓献新作丰收录：红薯亩產八石余，土豆四石，玉米一石六斗，辣椒等佐膳之物不可胜计。
尤奏：诸物不择地力，磽薄新垦之田亦得三成收。帝大喜，敕曰：此天赐瑞穗，当广布天下。
四月，宴群臣於集仙殿。始用《九奏乐》，群臣舞蹈称万岁。
六月，黄河决於郑州。成国公赵英发河南、河北民夫十万堵决口，迁灾民三万於荆襄。帝减膳撤乐，拨內帑五十万贯賑济。
十月，高駢克永昌。奏言