容南下，奔波千里到了武当。
武当山玄机道长得知少林惨剧，遂收留了慧能，并为林英疗伤。
不久，祁天远从五台山僧众口中逼问到二人下落，带着锦衣卫来到武当山抓人，却被玄机道长阻拦。
祁天远吃了亏，只得暂时退下山，打算调集锦衣卫大军血洗武当山，此时锦衣卫忽然传讯，原来有人马在临济寺附近抓到了护送木棉袈裟的弟子，袈裟也被夺走。
祁天远本要扫平武当，再回少林当掌门，谁知忽然收到王澄的密信。
原来王澄如今被胡广总督刘大人弹劾，为了彻底扫清少林的后患，他命令祁天远加紧急赶回少林寺，解决后患。
另一边，在武当山的慧能伤愈之后，玄机道长打破门户之见，传授林英与慧能二人武当绝学，以破祁天远的武功。
俩人一番修炼后重返少林，此时林英才得知自己暗恋的人竟然真的是个和尚。
深感遭到欺骗的她含恨离去，慧能只能独自上路。
这天少林寺内钟鼓齐鸣，正在举办新一任住持接任大典。
就在祁天远准备披上木棉袈裟，接任住持之际，慧能突然出现在大雄宝殿，早有准备的祁天远一挥手，装扮成锦衣卫的僧众将慧能围在前殿。
而心心念念当方丈的他自己则是去大雄宝殿继续仪式。
慧能与锦衣卫拼杀成一团，忽闻外面喊杀声一片。
原来林英回到草原，找到三个妹妹，又联合五台山僧众，一起潜入了少林寺，放出了少林僧人。
众人一拥而上，跟锦衣卫展开了殊死搏斗。
慧能脱身冲入殿内，与祁天远展开决战。林英亦赶到相助，二人联手击败祁天远。
心知大势已去的祁天远逃入藏经阁，启动机关阻住二人，终将木棉袈裟披在身上，大笑中拔剑自刎，临死仍以手掩伤，唯恐鲜血玷污了身上的木棉袈裟。
贼首伏诛、王澄也已经穷途末路，一切危机化解，慧能被推选为新任主持。
只是当他披上木棉袈裟，再回头望时，那个站在大雄宝殿门外的少女早已不见踪影。
一篇几万字的剧本看完，朱牧叹为观止。
他看看钟山，“我现在总算明白了一件事……”