不过，诸葛长民和刘毅不明白的是，刘裕哪里来的信心，认为他会占据主动？认为他会收割到果实？他们问了刘裕，刘裕笑而不语，只是告诉他们说，他自有妙计。
京城的战报很快传来，一切印证了刘裕的猜想，楚军大败。桓玄率军离开京城往西逃离，而得知这一切的刘裕认为，机会来了。
他决定进攻寻阳城。目的很简单，攻克寻阳之后，便彻底截断了桓玄的西去之路。趁着桓玄兵败，如丧家之犬一般的西逃的当口，在寻阳堵住他们，将桓玄抓获。那么，刘裕便吃到了最大的果实。篡夺大晋社稷的罪魁祸首被刘裕抓到，那还不是最大的功劳么？
刘毅和诸葛长民等人深以为然，认为刘裕说的极是。抓住桓玄，不但可以立下首功。而他的兵马装备船只等，也将全部归于豫章。那将是赚的盆满钵满的结果。
他们不知道的，这还不是全部，刘裕还有另外的一个计划。而这个计划，才是最为核心的计划。如果成功，那将彻底改变局势。
在桓玄的兵马撤至雷池以东，距离寻阳还有一百八十里的时候。刘裕亲自率领五万兵马，几乎是倾巢出动，北上沿着鄱阳湖西岸抵达寻阳，发起了进攻。
寻阳城这些年屡经战火，又是连接西北荆州梁益等州和京城的纽带，所以在城防建设上有了极大的加强。特别是作为威慑豫章叛军的重要城池，更在军事设施上进行了大规模的建设。
但是，再坚固的城防也难以应对眼前的局面。若桓玄没有命桓石生北进，以寻阳的城防以及强大的大楚水军的掌控之下，想要进攻寻阳，恐怕只是说说而已。因为寻阳城的格局便是狭长地形，东有鄱阳湖口，南临鄱阳湖，北有大江，可说是三面临水。若楚军水军尚在，水军的进攻将覆盖三面城池，攻城兵马甚至连立足都难。而西城恰恰是城防最坚固，地形最狭窄的区域，兵力再多也无济于事。
然而，这一切终究是架设。事实情形是，桓石生已死，他的水军也已经大部覆灭，所剩无几的水军也正跟随桓玄的大军同步后撤，此刻尚在近两百里之外。
所以，对刘裕而言，这场攻城作战便容易的多了。
固然因为地形所限，新募兵马的作战力也不敢恭维，遭遇城中一万多守军的顽强抵抗，死伤颇为惨重，战场也混乱不堪。但是，在狂攻数个时辰之后，刘裕的兵马终于用炸药包炸穿了寻阳南城城门，打开了攻城的通道。
凌晨时分，数万刘裕的兵马冲入寻阳城，守军纷纷投降，寻阳至此告