一手策划的大清洗行动。圣旨不过是个幌子，陛下都没有出席这次朝会，这圣旨显然是矫诏行为。
那些被抓捕的人之中，有一部分还是对桓玄溜须拍马极尽谄媚之人。所有人都没有任何的实际证据和不轨的行为，只是完全凭借桓玄的臆断便将他们全部缉拿。
没有任何的审判程序，很快，桓玄便宣布将这四十余族近三百人全部斩首示众。正月二十二上午，在朱雀大街街口的寒风之中，这三百余人无论男女老幼全部被当街斩首。其中最小的孩童尚在襁褓之中，也被行刑的刀斧手一砍两半。
此举也打破了之前不杀幼童的先例，即便是胡族当年侵入中原之时，也不会对襁褓中的婴儿下手。
那日，朱雀大街十字街口的石板路上满是鲜血，在寒风中冻结成紫红的冰块。其中多日，原本热闹非常的朱雀大街街口位置都空荡荡的，没有人愿意从这里经过，因为当日被斩首时，那些妇孺孩童老者嚎哭的声音似乎久久不散，夜晚甚至都能听到他们鬼魂的哭泣之声。
这一次大清洗震慑朝廷上下所有人，他们一个个安静如鸡，没人敢说半句话。他们知道这些人当中许多人都是无辜的，或许只是一个眼神，一句话，一个动作便上了桓玄的清洗名单。所以，在面对桓玄的时候，一个个极为谨慎小心，生恐说错半句，生恐招致桓玄的不满。
桓玄对这样的结果很满意。他就是要制造这种恐怖笼罩的效果，让这帮人不敢有任何的擅动。他知道这帮人心中的不满，但只要他们表面乖乖的服从，暗地里也不敢做对自己不利的事情，那便足够了。这种时候，桓玄甚至无需他们的忠诚，只需要他们对自己的恐惧。
那些被杀的人，桓玄也确实没有什么真凭实据，只是一些臆断和印象便铲除了他们。这么做确实会让一些大族对自己寒心，但桓玄也顾不得这些了。他必须完全的掌控一切，以令朝廷上下都随自己的意愿行事。
这些还不够。桓玄又逼着司马德宗下旨，让司马德宗自称身体有恙，今后不再上朝，也不再接见任何朝臣的觐见。朝会由楚王召集定议，朝中事务由楚王全权处置。圣旨说，他完全相信楚王，不遵楚王之命，便是不遵皇帝之命云云。
这种把戏，人人心里都明白，但是没有一个人敢戳穿。
二月中，在朝中局面稍稍趋稳之后，桓玄开始了他的第二步计划。那便是宣布剿灭刘裕等割据势力的行动。他命桓嗣领军五万，进军豫章。命江州刺史桓石生率领水军一万战船八十艘进入鄱阳湖协同作战。