这是极大危机。既然暂时不打算再攻李徽，则必须要找到一个替代的路线。实际上，大江以南的陆路，穿过江州中部官道运输物资粮草和兵马的补充也是可行的。这样便可以避免大江水道被截断的风险。
而刘裕则正好卡住了江州中部，控制了鄱阳湖，好死不死的成为截断路上通道的一股势力。
对于桓玄而言，刘裕那点兵马其实不值一提，他只是之前的目标不在刘裕身上罢了。但现在，解决刘裕就成了既打通陆上通道，利于物资粮草兵马从西北运抵京城的最佳方案，也同时成了军事上立威的必然选择。
至于南阳的殷旷之和梁州作乱的巴獠部落，那不过是为了更好的平复荆州和梁州的局势，解决这些令人作痒的疥癣之疾罢了。
以上是军事方面的考虑，挽回军威，打通通道，为之后做准备。另一方面，桓玄要解决的便是朝中那些沉渣泛起的反对之声，以及一些妄图借司马德宗的名义抱团和自己作对之人。
桓玄认为，必须要严厉的惩罚朝中这些想要挣脱自己的掌控，觉得局面有变，可以和自己掰掰手腕之人。特别是司马德宗和他身后的一些人，要将这些人全部扫除清理，将司马德宗牢牢的掌控在手中。
除了铲除这些异己立威之外，掌控司马德宗便是掌控住大晋朝廷。这对于李徽也是一种牵制。桓玄此刻最担心的便是司马德宗跟李徽搞到一起，偷偷给李徽下个诏书什么的，让李徽率军进攻京城，并且赋予他皇命。那样的话，李徽便可肆无忌惮的进攻了。
必须杜绝这种可能，那便要将朝廷再一次的整肃，将一些人铲除。要将司马德宗软禁起来，不许他见到任何人，彻底的杜绝司马德宗和其他人接触的可能。
在经过长达半个月的思索之后，桓玄确定了这个计划，他首先开始了他的大清洗行动。
正月二十之夜，桓伟率领一万中军兵马全城发动，一夜之间抓捕了四十多名朝中军政官员和京城大族。并封锁了皇宫，撤换了所有司马德宗身边之人。
清晨时分，桓玄召集朝会，宣读了司马德宗的圣旨。圣旨之中，将被抓捕的四十余名朝中官员和京城大族一律归为司马道子遗毒同党。以王绪之前策划诱杀周澈之事作为殷鉴，表示要彻底清除司马道子遗毒同党，以免再一次发生阴谋策划挑拨离间诱发大晋内斗之事。要严惩所有被抓捕的这些人和他们的亲眷。
所有人都噤若寒蝉，在桓玄询问他们有无反对意见的时候，没有一个人敢说话。因为所有人都明白，这是桓玄