后，港口内的倭寇战船已所剩无几，残骸堵在湾内水面上，后续的船几乎无法出港。邓子龙下令停止炮击，派沙船进入港口清扫残敌。沙船驶入港内时，栈桥已经被烧毁，仓库也被炮弹击穿。几艘残存的倭寇小船靠在岸边，船上已无人看守，像是所有能撤的人都已弃船撤离。
天黑前，邓子龙登上对马岛港口栈桥的残骸，四面看了看。岸上已无抵抗，地面散布着散落的装备和未启用的弹药，往岛内延伸的道路尽头有火光，像是有人撤入了更深处的山里。他命令一队水兵登岸清剿。
他在栈桥的废墟上站了一会儿，没有走进去，看了一阵便转身回了船上。
这一日，倭寇不计代价的冲锋，给明军和朝鲜船队造成了更大的伤亡。
紧接着，联合舰队北上，釜山港外海被封锁，港内倭寇运输船无法出港，补给线彻底中断。
邓子龙在对马岛又待了两天，看着水兵清理战场、收拢残骸、统计伤亡。战后第三天，他坐在栈桥废墟旁边的一块石头上，面前放着一封尚未封口的军报，上面列着一串数字：损失战船六十四艘，阵亡水兵三千一百余人，伤员约四千。福建福船指挥佥事、浙江福船指挥佥事、广东广船指挥参将阵亡。另有五名把总、七名千总折在海战中。
他在数字下面又加了两行字：“倭寇水军主力已被重创，对马岛港区全部焚毁，釜山港已被封锁，倭寇海上补给线已断。沿海骚扰自可停止。然此战代价甚巨，水师元气大伤。请旨休整。”他写完后没有再看，将笔搁下，把纸折好封口。远处海面上，联合舰队残存的船正在重新整编，帆布在风里鼓起来，像一排正在重新站直的人。岸边，包扎好的伤员躺在担架上等着转运，几个水兵蹲在码头边烧水，铁锅里的蒸汽被海风吹散又聚拢，在午后的光线里显出青白色的轮廓，轻轻飘动着，看不出是从什么地方来的，也看不出要往什么地方去。
对马岛的战火熄灭时，朝鲜半岛上的战火声仍没有停。
水师在对马岛鏖战的同时，李成梁的地面部队一直在全线向南压。明军这次冲在了最前线，配合着朝鲜各道勤王军，在忠清道和庆尚道北部展开了一场又一场的攻城战。没有休息，没有轮换，每打下一座城就留下一部分守军，其余的人继续向前。
李成梁的将令只有一条：“打到水师那边出结果为止。”
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他只知道水师在对马岛动手了，却不知道那边要打多久、打成什么样。他唯一能做的是把陆地上