官品秩正五品上，不设书吏等具体办事人员，以保证办事的机密。
内阁主要为皇帝汇集整理奏疏，按照事情轻重缓急给予意见，并负责内制敕令及诏书。
内阁大学士入选标准必须有军队基层从军经验，以及地方衙门的基层治理经验。
内阁的设置，代表大汉由单轨制变成内阁、三省六部及五军都督府的三轨制，政治上则是以内阁、三省六部的双轨制。
三省依旧维持“中书出令、门下审核、尚书执行的”法定程序，内阁仅作为“皇帝秘书处”嵌入。
日常的政务处理，依旧是尚书省、门下省、中书省、皇帝的传统流程。
诸如军国机密则是由内阁直呈皇帝并票拟给出建议，最后转中书门下省补办程序。
首批内阁大学士以敬翔、张瑛、谢瞳、尚仲甫、郑公权、段巍、郭恕等七人为主。
七人中除谢瞳外，其余六人都是关西或陇右出身的学子，基本都有过在地方为官，亦或者从军的经验。
随着内阁建立，庙堂上的格局再次发生变化，虽然内阁并未分走三省太多权力，但也确实让人看出了皇帝改制的想法。
洪武四年七月，宰相刘瞻以其年迈为由致仕，刘继隆特赐其宅邸，赏钱三千贯，并命北衙六军护卫刘瞻返回家乡。
刘瞻去相后，刘继隆将河东的崔恕拔擢为相，以同平章事入南衙。
八月初五，国师悟真奏表朝廷，言其已经率部抵达金城，没卢丹增接受册封为吐蕃王，并在其治下五十六城修建五十六座寺庙，以此表示礼佛之心。
刘继隆得知后，旋即令陇右道及剑南道有司扩修驿道，并设立驿站通往多康治下五十六座城池。
因担心有司民夫不足，故此敕令没卢丹增发其治下百姓迁往修葺驿道，令有司每日发粮三升与当地百姓为工钱。
得知有粮食发出，没卢丹增倒也没有那么多顾虑，他还需要刘继隆扶持他统一吐蕃，因此便发差役十万，协助朝廷扩修驿道。
眼见清理天下僧道的前置条件完成，刘继隆于九月初二宣布废除天下僧道手中度牒，并将新的度牒科考制度与传法僧官制度宣告天下。
相比较对付世家豪强，整治天下僧道根本用不了多大力气。
刘继隆将天下僧道科考的日子定在了每年的佛诞节和玄元节，同时下令清理天下寺庙的耕地，将耕地回收有司衙门，依照遗留僧道发出相应口粮。
若三年内未曾获得度牒，则