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局势在变化。自隆庆开关以来，大明开放的港口其实不断增多的。朱由检更是大手一挥，实行全境开放。东西方贸易在大明本土的关窍其实是已经打开了的。但在具体执行的时候，就有些变了味。首先是两牙与荷兰的厮杀，这是属于外夷之间的矛盾。
朝廷当时忙著干建奴，也没有心情关心这些破事。闽浙两广的官员对此有所耳闻，但也并不怎么上心。而荷兰与大明是有矛盾的。具体来说其实是他们与郑芝龙集团的矛盾。
郑芝龙在台北，荷兰人占据台南。他们之间的关系能好才怪。
朱由检敕封郑芝龙为东番总兵官。总兵之间亦有不同。比较惨的如辽沈之战，死在战场上的总兵一只手数不过来。又如云南总兵官沐英，实打实的云南王。而郑芝龙当然更愿意相信自己是沐英那样的藩王了。他早就将整个东番岛认作了自己的私属。