吴国章寨更是得了命令，迅速控制了局面。
张训、刘金在初步控制主寨后，一面清点俘虏、收缴武器，一面立即请吴国章、黄彦派出亲信，持何应人头和他们的手令、告身，分赴巢湖各处仍在观望或信息不通的中小水寨，进行招抚劝降。周本、李神福则指挥船队，巡弋湖面，展示武力，对少数意图逃窜或迟疑不决的小股水匪进行威慑性驱赶或小规模打击，迫其归降。
大局已定，巢湖核心水域的抵抗在一天之内基本平息。
次日，周本、李神福登岛，进驻鸭子嘴主寨。
张训、刘金、吴国章、黄彦率众出迎。
周本当场宣布：
将表奏张训、刘金为首功，擢为水师营将；吴国章、黄彦顺应形势，有功于安定湖面，授以水师副营将，其部众择优整编。
同时，以江淮行省吴王赵怀安的名义，发布安巢湖告示。
重申只诛首恶，其余人等，凡愿归顺者，皆为王化之民，愿从军者经考校后可入水师，愿归农者发放钱粮遣返还乡。
恩威并下，尤其是吴王在民间的名声，效果斐然。
接下来的几天，巢湖各处水寨人心浮动后，大部分选择了归顺。
登记从军和登记归民的两处地点排起了长队。
周本、李神福、张训等人全力投入整编工作。
他们以所部一千三百人为骨干，以张训、刘金带来的百余家乡子弟和部分可靠旧部为核心，吸收吴国章麾下较有纪律的约五百人、黄彦部中挑选出的约三百人，再从严考核其他各寨投效人员，择优收录约两千人。
总计初步整编出水师战兵约四千二百人。
这些人和水手、艄公、操帆手都不一样，是纯粹的战斗人员，不仅负责水战时的对射和跳帮，还要登陆作战。
而船只方面，缴获和接收的船只数量庞大，但正如战前所料，多为寻常小船，不能用于大江。所以一番筛选后，也是将其中船体较新、结构坚实的两百五十余艘小型战船，改为朦航、走舸、海鹘。这些小船都是水战的辅助力量，真正要形成主力的，还是要修建大船。
另有还有三百多艘较大的漕船、商船，这些船只没办法作为战船，所以经过改造，加装了一些防护和简单武器，就作为运输、补给之用。
至于其他数百艘更小的渔船、杂船，则大部分遣散或归还原主，或交庐州地方，用于组织新的渔业生产。
此外，在整编过程中，还涌现和吸纳