两广总督正式移驻广州，并从此成为定制，是乾隆十一年（1746年）的事情。
清初两广总督驻地以及两广的行政区划十分混乱，康熙、雍正两朝曾分设广东总督、广西总督，并多次裁撤重设。
广州、肇庆、梧州、廉州在清初都曾是广东总督署所在，不过大部分时间广东总督署都设在肇庆。雍正七年(1729年)，广西一度暂归云贵总督兼辖，广东总督仍驻肇庆，只辖广东。
直至雍正十二年（1734年)，广西复归广东总督管辖，正式更名为两广总督，从此两广总督一职成定制，总督广东、广西两省，但驻地仍在肇庆。
到了乾隆十一年，时任两广总督策楞奏请乾隆将督署从肇庆迁往广州并获得乾隆的准许，广州方才再度长期作为广东省垣及两广总督署地存在。
当然，清初满清不将督署设在广州还有另一层原因，那便是明朝永历四年（满清顺治七年），即公元1650年年底，满清平南王尚可喜与靖南王耿继茂等清军勾结荷兰雇佣军，围攻广州整整十月，攻破广州后进行了空前绝后的屠城，广州为之一空。
勾结荷兰殖民者攻打南明、明郑的龌龊事满清也不止做过一次。
施琅攻期间，满清亦曾勾结过荷兰人，与荷兰签订了《清荷协约》，协约商定清荷联合消灭明郑政权后，清廷承诺将及所有城堡、设施移交荷兰。
攻失利的施琅亦曾私自约会荷兰东印度公司司令博特，企图将卖给荷兰。
因清荷尝试多次联合攻失败，荷方多次军事行动花费巨大，既拿不回，与清廷的通商诉求也无果。施琅两次征因风失败后，康熙暂时放弃武力攻，转而以迁界令封锁明郑，断绝了闽之间的直接贸易，殖民岛的经济收益大大下降，荷兰东印度公司经过评估认为继续经营并不经济，对失去兴趣，施琅卖才告失败。
若非两次风眷顾，以康熙彼时对的态度，极大可能将圆满地奉送给荷兰。
至于施琅为何在攻成功后态度来了个一百八度大转弯，极力要求设府管辖。
原因也很简单，一言以蔽之，无非是施琅夺后明郑数十年垦所获之沃土丰田，尽归其有，靖海侯（施琅）集团成了当地最大的地主集团，能在当地收地租，即所谓的施家大租。
后世出于政治宣传需要，称施琅为民族英雄，实际上此人不过是精致利己之投机者而已，一生所行之事，既不民族，也不英雄。
话归正题，满清直至乾隆年间才将两广