南侧破坏的机轴的目的已经达到，北侧的行动更加顺利。桓谦豁出去四艘大船，装满了柴草芦苇，直接怼到了北侧河岸城墙下方点火燃烧起来。虽然北侧墙顶的守军目睹了南侧的情形已经意识到了荆州水军的意图，但他们根本无法阻止。
一小队守军试图升起半边瓮城拦住对方的火船，但是桓谦派出几艘快船冒死冲入阻止了他们。随着烟火的升腾，烟雾弥漫在墙顶，上方的守军也只好撤离。三道机轴被全部烧毁，再也无法浮起。
战斗进行到了午后申时。在付出了三干五百多兵马的伤亡，损失了楼船快船大大小小二十五艘之后，桓谦用这惨烈的代价破坏了水下瓮城的结构，完成了对两侧防御城墙守军的驱逐。
事不宜迟，桓谦即刻下令，战船冲向西水门。城头上数干弓箭手数十张床弩疯狂射击，火箭落下如雨，密集如蝗。但桓谦的战船保护着一艘载着五百斤炸药的大船冲到了水门下方，紧贴着水门下方的巨大中柱停了下来。
申时三刻时分，一声爆炸惊天动地的响彻天地。整个建康城都抖了一抖，包括十余里外的东城区域都听到了这一声惊天动地的爆炸。人们惊骇四顾，寻找眺巨响声传来的地方。但见西城方向，一股黑烟在空中升腾，像是一朵巨大的蘑菇在空中久久不散。夕阳照耀之下，给这黑色的巨物镶上了金边。这场面瑰丽而诡异。这就像是一个巨大的不详的征兆一般，令人惶然不知所措，惊恐心悸。