十月初六，寒意凛然的午后，谢玄率领的一万北府军兵马抵达京城。
在过去的一段时间里，谢玄率领兵马在会稽进行了大规模的清肃教匪流毒的行动。他率兵马从西往东，将会稽所属各县逐一清扫排查。捣毁了大量的五斗米教教场和道观，将各县分坛逐一捣毁。下达告示，揭露五斗米教的罪行，告诫百姓不得再参与五斗米教的活动。
军事上，孙恩卢循等人率领残余的教匪逃离会稽之后，先是盘踞在上虞县，试图鼓动教众收拢人力东山再起。但谢玄率军横扫而来，孙恩等人一路东退，先后盘踞余姚、句章、鄮县等县。最后，谢玄的兵马追击而来，形成包围之势。孙恩卢循走投无路，便带着数百死忠教众劫掠了一番，抢了上百条渔船下海。
会稽郡以东外海有许多海岛，大大小小星罗棋布。岛上林木葱郁，山峦起伏，适合藏匿盘踞。谢玄只得作罢，以目前的兵力，又无强力水军，根本无法肃清孙恩卢循等人。于是命海边各县组建巡逻水军，于县域驻扎三干余兵马进行防范，率其余兵马回到会稽城，结束了对于孙恩等人的围剿。
这之后，谢玄在会稽留下五干郡兵交给谢琰统帅，这些大多数都是三吴之地的兵马，剩下万余人都是北府军旧部为主的兵马，谢玄要带着他们北上，以这些人为骨干重新组建北府军，重整旗鼓。
经过十余日的行军，谢玄等人抵达了京城。
南篱门外，谢玄接到了朝廷的旨意。前来宣旨的事谢玄的堂弟，谢石之子南康郡公谢汪。那也是留在京城的谢家不多的几名子弟之一了。
圣旨中，朝廷对谢玄的到来表示隆重的欢迎，说陛下和会稽王以及文武官员都热切盼望谢玄的凯旋。会稽王本拟亲自来迎接，但因为操劳过甚，这几日身子不适，所以未能亲自迎接。请谢玄命所率兵马在南门外留置，只能率百余亲卫进城。
谢玄有些不痛快，自己的一万北府军长途跋涉而来，却不被允许进城，这着实令人有些恼火。一般而言，兵马可入外城，进外廓的几座卫星城军营之中驻扎。那司马道子将自己的兵马拒之于南城之外，那说明他心中对自己是有防备之心的。
不过谢玄很快释怀了。司马道子这么做虽然有些小家子气，但站在他的立场上，在经历了之前的乱局之后，他不得不防。这么做也无可厚非。
自己此来京城也不是要驻扎在京城之中，尽快协调兵马驻扎之地，前往驻扎发展才是道理。倒也不必同司马道子纠结这些事情。
当下谢玄命